青云亭于公元1673年由马六甲第一任华人甲必丹郑芳扬（又名郑启基）所建。取平步青云之意。继于清康熙43年，获得第四任。甲必丹曾其禄（又名曾六官）大事修筑、扩建观音大殿。
清嘉庆六年即公元1801年，第八任华人甲必丹，也就是当时著名的慈善家蔡士竟（又名蔡笃平）再将该庙加造重修，才奠定了青云亭今日的面貌和规模。
占地49520平方尺的青云亭，目前是我国特别是马六甲历史城的重要名胜古迹。它的外观雄伟庄严，建筑结构特富中国传统的艺术性，不但古色古香，而且多姿多彩。整座庙宇，不论建筑风格、雕工、图案，历历反映闽南地区色彩，是十分难得的中华建筑艺术瑰宝。
青云亭的建筑，表现于装饰的手法，包括雕、塑、彩、贴、砌、写、画七种。其样式极多，例如浮雕、泥塑、剪陶、彩案、墙柱、匾额、动物吉祥图、交趾泥陶、脊饰等，皆由不同的中国匠师，以巧夺天工的精致手艺制作。这些反映了早期建筑独特风格。屋顶平直的正脊、两端上翘如燕足之垂脊和飞檐，以及前橼和耸壁。
雕塑艺人在庙宇的屋檐壁上任凭发挥，用心血创造出各种人物、飞禽走兽，花卉图案，个个具富形态神韵之美，栩栩如生。这些造型逼真，形象鲜明的精细艺术品，出自中国名匠的手，先雕塑造像，再用不同颜色的碗类瓷片贴砌，即变成色彩缤纷、高度成就的作品了。仰首遥观，但见造像艺作，不乏龙凤、吉狮、鸡羊、花鸟、鱼马、彩案。
至于人物，都是中国古代将相装扮。有的骑马、八面威风、有的大动干戈、杀气腾腾、有的班门弄斧，或骑在龙头上，形态之多，不一而足，皆是上乘佳作。由于经年累月曝晒于穹柱下，风吹雨打，这些雕塑造像早已班剥褪色，充满沧桑和历史感.
青云亭原名观音亭，规模宏大，整座建筑全部用楠木建成，山门上书“南海飞来”四字。殿内以生漆涂饰，黑红闪亮，屋檐上有由碎玻璃及瓷造成的神话及动物雕像，在阳光下闪闪发亮华丽夺目。庙内上漆的木雕更加引人入胜。庙里的主神明有观世音菩萨，左坛是航海者的保佑神天后娘娘。坛上的栏杆描绘了佛祖的生平。庭院里可看到佛教、儒家和道家的教义。这座庙宇的建筑材料都是来自中国。
300多年来，该亭至少经历了6次重修和3次扩建。亭内的各种碑文、匾额、楹联和华人祖先牌位等，是研究马来西亚华人社会的重要历史资料。至今仍有不少僧侣居住其中，是马来西亚最古老的一间华人寺庙。
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