甘孜州江河湖泊众多。流经境内的河流主要有金沙江、雅砻江、大渡河，均为长江上游主要支干流。
“两江一河”自西向东，南北向平行排列，汹涌湍急，支流甚多。中等河流有大小金川、折多河、鲜水河、无量河、硕曲河、巴楚河、九龙河、色曲河、泥曲河等。各支流的山溪广布，水流急，落差大，水量丰沛，水源较稳定。地表出露热泉有249处。据初步估算，全州水资源年径流量约为641.8亿立方米。
大渡河
中国岷江最大支流。位于四川省西部。古称沫水。发源于青海省境内的果洛山东南麓。东源有阿柯河和麻尔柯河，于阿坝南部汇合后称足木足河；西源有多柯河和色曲河，于垠塘南部汇合后称绰斯甲河。足木足河与绰斯甲河汇合后称大金川，是大渡河主流，南流至丹巴同来自东北的小金川汇合后称大渡河。在石棉县折向东流，到乐山市草鞋渡纳青衣江后入岷江。长1062千米，流域面积7.77万平方千米。流域内沟谷纵横，支流众多，干支流之间组合呈羽状水系。多年平均径流总量456 亿立方米，河口处多年平均流量1490立方米／秒。水力理论蕴藏量丰富，可开发装机2336.8万千瓦。其中干流别格尔至乐山市长584千米，天然落差2788米，水力蕴藏量2075万千瓦，是水能资源比较集中的河段。已建有龚咀水电站，装机70万千瓦，最终扩大到210万千瓦，铜街子电站装机60万千瓦。已被列为中国水电能源十大基地之一。
金沙江
发源于青海境内唐古拉山脉的格拉丹冬雪山北麓，是西藏和四川的界河。它在江达县和四川的石渠县交界处（江达县邓柯乡的盖哈河口）进入昌都地区边界，经江达、贡觉和芒康等县东部边缘，至巴塘县中心线附近的麦曲河口西南方小河的金沙汇口处入云南，然后在云南丽江折向东流，为长江上游。金沙江在昌都地区段河长587公里，江面海拔自3340米至2296米，落差1044米，流域面积2.3万平方公里，年平均流量为957.3立方米／秒，年径流量301.9亿立方米（巴塘站）。金沙江河谷地貌特征可以德格县白曲河口和马塘县玛曲河口附近分为上、中、下三段。其中上段为峡宽相间河谷段，中段为深切峡谷段，下段为峡谷间窄谷段。
上段：峡宽相间河谷段，自邓柯乡盖哈河口至德格白曲河口长207公里，江面海拔3340－2980米，落差360米，平均坡降为1.74％。本段河谷对割深度为1000－1500米，河谷谷坡一般在30°左右。河谷形态受地质构造与谷坡岩性影响，呈峡谷与窄谷（宽谷）相间分布。峡谷段河床单一，阶地不发育。河宽一般90米左右，河流切入基岩。窄谷段谷底一般宽度在500米左右，支沟口有洪积或泥石流台地发育。其中最大的谷地在本段河谷的北端邓柯宽谷，该段河长40公里左右，江面海拔3300米左右，河谷开阔而平直，呈北西西走向，是受构造控制的河谷。谷底宽达2—３公里，此段江面多分汊，河漫滩、江心洲发育，两侧支沟洪积扇发育，促使河道迂迥曲折，河流阶地呈不对称分布，该段谷地是昌都地区各大河流地中最宽大的谷地。在其它河谷段，河床仍为单一河道为主，江心滩十分少见。
中段：深切峡谷段，自德格白曲河口至巴塘玛曲河口，河长为291公里，江面海拔高度在2980—2482米之间，落差498米，平均坡降为2.71‰。本段河谷相对切割深度在1500—2000米之间，河谷谷坡一般在30°以上。河段谷中谷现象明显，河谷上部谷坡较缓，下部陡峻，河谷上有另星的谷肩平台分布。谷坡不稳定，崩塌、滑坡和泥石流频繁发生。河流深切基岩，河床中多急流、险滩，绝大部分地段河床即为谷底。在一些较小支沟汇入处偶见滑坡泥石流扇台地发育，局部稍宽谷地里偶见阶地分布，如江达岗托附近有两级阶地，分别高出江面25米和65米。本段河谷是昌都境内金沙江最狭窄的一段河谷。
下段：峡谷间窄谷段，本段河谷自巴塘玛曲河口至巴塘县中心线附近的麦曲河口西南方小河的金沙江汇口，长87公里，江面海拔2482——2296米，落差186米，平均坡降为2.14‰。本段河谷相对切割深度在2000米左右，河谷谷坡一般为30°左右。峡谷段江面宽在100米左右，河床单一，河流切入基岩，阶地不发育。本河段所夹的窄谷段，谷底一般宽度在500米左右，河床较宽，有狭窄的阶地和支沟口洪积或泥石流台地发育。如巴塘竹巴笼金沙江大桥附近江面宽约200多米，其下游可见河漫滩和江心洲发育。
雅砻江
金沙江最大支流，古称“若水”，又称“鸦砻江”。藏语称“尼亚曲”，意为“多鱼之水”。源出青海省巴颜喀拉山南麓，称青水河，入川后称雅砻江。在渡口市东北入金沙江。全长1375公里，流域面积13万平方公里。主要支流有鲜水河、理塘河、安宁河等。该江在雅江以上的上游段流经青藏高原面上，两岸丘陵起伏，河谷宽浅，有河漫滩、沙洲和阶地；雅江以下的中下游段，穿行横断山高山峡谷区，河谷变窄，呈“V”型谷，岭谷高差达几千米，谷坡陡峻，甚至直立，河床比降大，水流湍急。雅砻江径流补给上游以地下水为主，中下游主要是雨水和地下水补给。6～9月为汛期，占年径流量的70％左右。因上游地势平缓中下游森林茂密，水流清澄，含沙量小。中下游河床比降大，水力资源丰富。会理县安宁以下可通航。
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