黑水历史悠久。古为冉垅地。秦、汉为蚕陵县。属汉于境北置平良县，后以蚕陵、平康两县领其地。北周分属通轨、江源、左封、广年4县。隋初4县属汶山郡。隋末以平康、左封两县领之。
唐武德元年（618年）废平康，二年（619年）废左封属翼州，贞观二十一年（647年）在境内马桥置当州，辖通轨、左封两县；显庆元年（656年）左封县迁驻徐古，翌年置谷和县治地米尔垮；文明元年（684年）在境内寡古置利和县，文明三年置归城县，治地苦瓜。唐末为吐蕃辖地。
元为吐蕃宣慰司辖，至元二十六年（1290年）北部为松州毛儿盖千户所领，其余为茂州叠溪千户所领。明属松潘。明初于知木林置麦扎长官司，明末置大娃黑水土百户，属松潘卫，茂州卫领地。
清于境北麦扎、乌木树、知木林、慈坝置土守备，属松潘厅。道光六年（1826年）改土归流，大姓黑水（丁寨等六寨）属茂州管辖。
黑水历史悠久。古为冉垅地。秦、汉为蚕陵县。属汉于境北置平良县，后以蚕陵、平康两县领其地。北周分属通轨、江源、左封、广年4县。隋初4县属汶山郡。隋末以平康、左封两县领之。
唐武德元年（618年）废平康，二年（619年）废左封属翼州，贞观二十一年（647年）在境内马桥置当州，辖通轨、左封两县；显庆元年（656年）左封县迁驻徐古，翌年置谷和县治地米尔垮；文明元年（684年）在境内寡古置利和县，文明三年置归城县，治地苦瓜。唐末为吐蕃辖地。
元为吐蕃宣慰司辖，至元二十六年（1290年）北部为松州毛儿盖千户所领，其余为茂州叠溪千户所领。明属松潘。明初于知木林置麦扎长官司，明末置大娃黑水土百户，属松潘卫，茂州卫领地。
清于境北麦扎、乌木树、知木林、慈坝置土守备，属松潘厅。道光六年（1826年）改土归流，大姓黑水（丁寨等六寨）属茂州管辖。
清末大黑水为梭磨宣慰司所辖，隶理番厅，小黑水隶松番厅。民国24年属四川省第十六行政督察区。
1952年7月24日黑水解放，9月成立黑水行政委员会（县级临时政权）。1953年12月置芦花县。后更名为黑水县至今，辖1镇、4区、123个村、331个村民小组。
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