黑水县有3条主河和99条支流溪沟，其中常年存水溪沟45条，流域面积50平方公里以下的24条，流域面积50平方公里以上的21条。流域面积广阔，总流域面积为10400平方公里．径流总量大，为丰水区。县境内有黑水河、小黑水河、毛尔盖河三条主河道和99条溪沟，组成树枝状水网结构，是长江上游岷江水系的水源之一。
黑水河
黑水河发源于羊拱山脉的希娘山东麓，由西北向东南横贯全县，流经12个乡，县内流长91公里。在两河口与赤不苏河汇合后经茂县于飞虹桥注入岷江，全长162公里，流域面积6160平方公里。平均比降千分之21，累年平均流量141立方米／秒，大小支流与溪沟形成树枝状的水网结构，其上游河谷狭窄，中下游逐渐开阔。较大的支流有3条：毛儿盖河--源于松潘毛儿盖，由北向南在北纬30。00＇、东经103。10＇处流入黑水县境，至热里与小黑水河汇合，全长90．2公里，流域面积1835平方公里，平均比降千分之11.4，累年平均流量27．6立方米／秒；小黑水河--源于黑水县麦扎乡之包洛柯，由8条溪沟汇集而成，在热里与毛儿盖河相汇，于渔巴渡注入黑水河，全长约70公里，流域面积554．9平方公里，果年平均流量12．8立方米／秒；赤不苏河--又称白水河，源于茂县以西之万年雪山与赤马梁子一带，上游有色如、九龙等溪沟汇入。经茂县维城、雅都、曲谷等地于两河口注入黑水河，全长49公里，流域面积750平方公里，平均比降千分之35.1。累年平均流量13．42立方米／秒。
小黑水河
小黑水河发源于松潘县三姐妹山南麓，由北向南经麦扎、知木林两地方，在热里与毛尔盖河相汇，流长65公里，流域面积188平方公里。
毛尔盖河
毛尔盖河发源于松潘县毛尔盖区的夏袄隆山南麓，在晴朗乡额则寨河谷入境，流经晴朗、扎窝、知木林三乡．于渔巴渡汇入黑水河，全长76公里，县境流长53公里，流域面积2763平方公里．
溪 沟
99条溪沟流域面积1338平方公里。其中流域面积大于50平方公里的有马河坝沟、奶于沟、三打古沟、昌德沟、热水沟、二古鲁沟、德石窝沟、沃拍季沟、若尔沟、麦扎沟和龙坝沟。
高山湖塘
县境内海拔4000米高原面上，有不少积水小湖塘，面积10亩以上，积水较深的，黑水语叫做撓(俗称高山海子)，如日嘎希、铁别希、俄甲希等。面积10亩以下，大小规模不等，黑水语叫做??(俗称塘堰)。降雨积水、干旱即涸．黑水语叫做撏輸。规模更小的，黑水语叫做摴卑蛿(俗称渔池)。各种各样的撓、懘頂、撏輸、摴卑蛿，县境内有49处，分布于芦貌、泽盖、沙石多三乡最多，泽盖乡有21处。高山湖塘．降雨量多时，积水四滋．形成地表径流。降雨量少时，积水下潜．补给地下积水。
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