生物资源
阿坝州地处我国自然地理垂直地带中两大阶梯之间的过渡地带，是世界十大生物多样性中心之一的青藏高原的一部分，又是我国川西-滇北植物特有现象中心的重要组成部分。现有林业用地444.7万公顷，森林覆盖率22.59%。截止2003年底，全州已建立包括森林类型、湿地类型、野生动植物类型的自然保护区24处，总面积243.8万公顷，占全州幅员面积的27%，其中，国家和省级自然保护区面积112.66万公顷，占全州幅员面积的13.38%。有九寨沟、卧龙、四姑娘山、若尔盖辖曼等4个国家级自然保护区，黄龙、白羊、勿角、白河、铁布、宝顶、米亚罗、草坡、曼则塘、三打古等10个省级自然保护区。
阿坝州有大熊猫、金丝猴、黑颈鹤、梅花鹿、猕猴、牛羚等国家重点保护珍稀野生动物76种（一级23种，二级53种）；有岷江柏、红豆杉、紫果云杉等珍稀野生植物资源1500种（其中：药用植物1200种，芳香油植物70种，淀粉植物37种，油脂植物80种，纤维植物79种，单宁植物68种），是四川省植物资源最丰富地区之一。是成都平原及长江、黄河上游的“绿色生态屏障”和著名的“珍贵生物基因宝库”。
阿坝州立体气候明显，日照充足，昼夜温差大，是名、特、优、稀水果和反季节蔬菜良好的种植区，金川雪梨、小金苹果、汶川甜樱桃以及无公害蔬菜在省内外享有盛名。有优质天然草场422万公顷，为全国五大牧区之一的川西北牧区的重要组成部分，麦洼牦牛、贾洛藏系绵羊、河曲马、汶川三江铜羊、黄牛等畜种是全国、全省的著名优良畜种，绿色食品资源开发前景广阔。2003年末，全州各类牲畜存栏353万头（只、匹），其中，牦牛存栏150.2万头。
阿坝州素有“天然药库”之称。据1985年普查，全州有野生中药材165科、559属、1900余种，占四川省中药材品种的50%；有全国重点普查中药材179种（占全部重点普查对象363种的49%）。年生长量8.5万吨，川贝母、虫草、红豆杉、黄芪、红景天、党参等地道名贵药材和羌活、秦艽、大黄等大宗药材十分丰富，刀党是古代上贡朝廷的佳品，松贝、当归、红芪、红毛五加等道地药材自古闻名。
矿产资源
已探明矿种59种，其中，大型矿床11处、中型矿床24处，优势矿种有金、铀、锂、硅、铁、锰。泥炭储量70多亿立方米，居世界之冠，褐煤储量逾30亿吨。黄金远景储量500吨，近期储量270吨，马脑壳金矿已建成为年产万两矿的重要金矿。大理石、花岗石储量丰富。
2004年8月 3日上午，在若尔盖县唐克乡举行了具有重大历史性意义的阿坝州第一口油气探井“红参一井”的开钻仪式。据悉，阿坝州的油气勘探是中国石油天然气勘探的处女地，也是中国石油工业第二次创业的重要目标，并被列为国家油气勘探战略选区项目。“红参一井”油井设计井深6000米，3年钻井出油，该井的开钻，掀开了阿坝州石油天然气发展史崭新的篇章。
水能资源
阿坝州境内江河纵横。黄河在阿坝州流经126公里。长江上游四川境内的主要支流岷江、嘉陵江、涪江均发源于阿坝州。岷江干流及最大支流大渡河纵贯全境，其流域内水量充沛、天然落差大，蕴藏着丰富的水能资源。全州大小河流530余条，水量395.5亿m3。水能理论蕴藏量1933万千瓦，占四川省水能蕴藏量的14%；可开发量1300万千瓦，占四川省的10.53%；水能资源特点是河流落差大，距离负荷中心近，年发电小时长，各类电站单位造价低，平均单位千瓦造价3500元，州内工业用电每度0.219元。
截止2003年底，全州已经建成大中小水电站397座，总装机容量130多万千瓦，2003年发电量60亿度；全州人均装机容量1570.2瓦，人均发电量7881度，均高于全国、全省人均水平。在四川省最早建设地方电网，拥有220千伏线路130公里，110千伏线路916公里，35千伏线路1822公里，10千伏线路4726公里，建成投运110千伏变电站12座，总容量59.9万千伏安，已经形成州内骨干电网，实现了与四川大网联网，四川岷电是四川民族地区第一家上市公司，阿坝州已经成为川电东送的重要基地。2004年初，装机36万千瓦的福堂电站建成投产。装机190万千瓦的大渡河双江口电站已经进入前期准备阶段。金龙潭、狮子坪、桑坪等中型电站正在抓紧建设中，杂谷脑、毛尔盖、黑水河、白水河、大渡河、岷江上游的水电开发正紧锣密鼓地进行，规划到2007年全州总装机达到516.5万千瓦，到2010年全州总装机达到1186.4万千瓦。
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