森林资源
全县有森林面积 159332.0 公顷，活立木蓄积量 1371.23 多万立方米，森林覆盖率 45.3 ％，成过熟林占 90 ％以上。
动植物资源
马边属中亚热带季风气候带，由于地形的特点，立体气候明显，有许多珍稀动植物和名贵土特产资源。 4 万公顷的国家级马边大风顶自然保护区更是大熊猫等珍稀动植物的乐土。
矿产资源
马边矿产丰富，蕴藏有磷、煤、锌、石膏等矿藏，马边磷矿远景储量 24.76 亿吨，居四川之首，是全国八大磷矿中的第四位。已探明储量 6.09 亿吨的老河坝矿区矿藏集中，易于开采，且品位高。在保护好主矿区的前提下，目前已逐步形成了年开采 30 万吨矿山的规模，并建成了年生产能力 1000 吨的黄磷厂， 3000 吨的磷酸。
水力资源
县境内有大小河流 226 条，水能理论蕴藏量 50.6 万千瓦，可开发利用 30 万千瓦。马边河全长 200 公里，马边境内 118 公里，常年平均流量 79.52 立方米／秒，总落差 645 米。装机 4 万千瓦的波罗电站是在马边河干流——瓦候库河上修建的。
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