境内河涌交错，西江、北江、绥江在此汇流, 三水资源丰富，拥有水域面积24．85万亩，主要江河每年流经境内的水量2891．9亿立方米。
西江流经青歧、金本、西南街道、白坭镇边境，北江从北至南纵贯大塘、芦苞、西南等镇（街道），并经思贤滘与西江相通。另流经区境内，长度在14.6公里以上的河涌有西南涌、芦苞涌、漫水河、青岐涌、樵北涌、九曲河、左岸涌、大棉涌、刘寨引水涌、乐平涌等10条。2003年有三水（河口）、马口2个水文站，大塘海仔口、大埗塘水闸、刘寨水闸、芦苞水闸、黄塘水闸、西南水闸6个水位站。
北江
北江为珠江支流，在广东省北部，发源于大庚岭东南部江西省信丰县石碣大茅山，往下游开始称浈水。另一支流武水西出湖南省临武县西。浈、武二水在陬关汇合后称北江，经清远市飞来峡，向南流经境内大塘、芦苞、南边、青岐各镇及河口开发区，至思贤滘与西江相通，到河口圩转向东流，至西南镇后流入南海区境内。
北江河全长468公里，流域面积46710平方公里，占珠江流域面积 10.3%。多年平均通流量 490亿立方米。流经三水区境内长 48.4公里。汛期河面平均宽度为 700--1200米，三水站最大年流量为 16200立方米／秒，最小流量为332立方米／秒，多年平均流量1246立方米/秒，是三水区的两条主要河涌之一。
北江除提供航行之方便外，还对三水区内的大塘、芦苞、南边、青歧、西南各镇及河口开发区的农田起排灌作用。
西南涌
西南涌，由北江西南分洪闸流入三水区西南镇，经南海区狮山、官窑、和顺，到广州市白云区鸦岗附近汇入珠江，全长41.6公里，是北江自上而下的第二大河涌, 流经三水区长度 22.5公里。明、清以来，因芦苞涌淤塞，成为北江往广州重要航道。西南涌的主要功能是泄洪，现在逐渐成为三水区中心城区的工业和生活主要纳污涌，属于Ⅴ类水体。左岸涌和大棉涌就是其中的分支。
芦苞涌
芦苞涌起于芦苞镇东海口，至南海官窑与西南涌汇合，为古代北江通往广州的重要航道。当时河面很宽，有东海之称。明代始，涌内逐渐淤塞，枯水期难以行船。全长33.4公里，流经三水区芦苞、范湖、乐平三镇。1921年为北江分洪和控制北江流往广州的洪水流量，有利于沿涌两岸农田排涝，在东海口兴建芦苞水闸，1923年竣工。1957年进行一次彻底的复修，1983年11月起进行全面加固。1984年10月在旧闸前面再建新水闸1座。此涌现已无航行之利，但对农田仍起到排灌作用。
乐平涌
乐平涌位于芦苞涌、西南涌之间，流经大旗头村，起到沟通芦苞、西南两个河涌的作用。原来河道较深，可以通航，广州船支从西南涌，经乐平涌到芦苞涌，可沿北江北上。所以，乐平涌原来在三水河网运输中地位很重要。
芦苞水闸
芦苞水闸是北江最大的分洪闸，位于三水区芦苞镇北江与芦苞涌（又名膏江）交汇处，配合北江大堤，肩负着捍卫广州、佛山、三水、南海、顺德、花县、番属等市、区、县人民生命财产安全的重任。
芦苞水闸有新闸和旧闸各一座。旧闸建成于1923年，抗战时期曾遭日寇飞机轰炸，1957年全面大修。闸宽101米，高12.09米，有7孔6门。旧闸前面的新闸，是为适应国家按百年一遇的防洪标准对北江大堤进行全面加固的要求而于1984年动工兴建的。闸设8孔，每孔宽10米，高14.31米。
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