据南澳象山1993的出土的细石器考证，早在8千年前岛上就有人类生活。
西汉元鼎6年（公元前111年）南澳始入版图，归南海郡揭阳县管辖。
明万历三年（1575年）诏设南澳副总兵，分广东、福建两营。
康熙二十四年（1685年）升设总兵。
雍正十年（1732年）设南澳厅。
民国元年（1912年）7月改南澳厅为南澳县。
1914年10月，全县原由广东、福建分治划归广东省管辖。
1927年，县城从深澳移至隆澳（后宅）。
1950年南澳解放，成立南澳县人民政府，属潮汕专区，1983年汕头地市合并以后，直属汕头市管辖。
2002年，南澳县辖4个镇（后宅 深澳 云澳 隆东），41个村委会、5个居委会。
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