河流多为季节河。由于地势中部高两翼低，无客水入境，雨旱季节分明，降水集中，故河流流程短。全境独流入海的河流11条，总长204公里，流域面积950平方公里。全区最大河流为登沙河，总长26公里，流域面积229.2平方公里。登沙河发源于向应镇小黑山及普兰店市二龙山，流入黄海盐大澳。
金州处在黄海和渤海之间，海岸曲折、港湾相连、滩涂广阔、岩礁密布，海岸线总长161.23公里。面积大于1平方公里岛礁8处，较大岛屿是渤海的蚂蚁岛，较大港湾金州湾位于金州城西部约2公里的渤海水域，北至大魏家荞麦山、葫芦套一带，南至友谊南山村西海，因距金州城较近而得名。港湾呈椭圆形，纵约28公里，横约15公里。水深自东向西递增至10米。岸边至湾内1000米，水深不足2米。
金州区是暖温带半湿润的季风气候兼有海洋性的气候特点。本区处于北半球中纬度地带，所受太阳辐射一年四季比较大，大气环流以西风带和副热带系统为主，再加上一面依山、三面靠海的地理环境影响，所以本区的气候特点是：四季分明、气候温和、空气湿润、降水集中、季风明显、风力较大。
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