墨西哥是个多火山的国家。大致和北纬19度线相平行，横贯一条东西长达800公里、南北宽100公里的火山带。在这条火山带上，由东向西呈锯齿状耸立着众多超过3000米的火山。
1943年，距教堂约1公里的帕里库廷火山突然喷发，教堂大部分建筑都被熔岩埋没。帕里库廷火山是世界上最年轻的火山，它于1943年2月20日从一块玉米地里“破土而出”，之后持续喷发并且高度不断增长。到1952年停止喷发时，火山高度已超过400米。
１９４３年，帕里库庭火山出生了，诞生在墨西哥的一块玉米地里。它在９年中不断地喷射出火山灰和熔岩流。这些火山灰和熔岩流覆盖了圣胡安村。只有教堂幸免于难。这年２月２０日，印地安塔拉卡希塔语部落的农民迪奥尼索·普里多，正在墨西哥城西面３００公里的帕里库庭村附近的玉米地里干活。他和他的妻子早就知道玉米地中有一个深约１.５米的洞。但这个洞似乎始终在下陷，并且不可能用土或废料把它填满！２月２０日下午，洞里似乎发出隆隆的声响！洞突然越来越大，并开始喷发出火山灰。这对夫妇以及前来目睹这一难以置信的场面的邻居们恐惧至极！第２天早晨，在事件发生后仅仅１２个小时，出现了一个１０米高的火山锥：一个火山婴儿诞生了，随即被政府科学家命名为帕里库庭火山。接着，它继续有规律地增高：１个星期后达到了１０６米，１个月后达到了１４８米，３个月后达到１９０米，１０个月后达到２９９米，最后在１９５２年达到了４２４米。当时那一夜间，火山灰的蘑菇云高达６０００米。火山灰落到了墨西哥城。从１９４３年７月份起，帕里库庭便不断有熔岩流出。1944年，一些熔岩流向了圣胡安·帕朗加里库蒂罗村。该村所有的房屋都被熔岩流覆盖。唯表幸免的教堂浮现在２５平方千米的固化的熔岩上。成千上百万的人员撤离了该地。
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