扎仓既是格鲁派寺庙的学经单位，也是措钦以下的一级管理机构，亦称“经学院”。哲蚌寺建成之初，原分为多门院、明惠州、广乐院、闻思州、夏郭院、调伏州和密咒院7个扎仓。由绛青曲结的七大弟子各主持一个扎仓的喇嘛学经。后合并为现存的罗赛林、古玛、德阳和阿巴4大扎仓。其中前三个为显宗扎仓，后一个为密宗扎仓。
罗赛林扎仓是哲蚌寺最大的扎仓，面积约1860平方米，包括经堂和佛殿两部分。经堂面积1053平方米，有柱102根，面阔13间，进深10间。经堂两边经架（长约60多米）壁立，上面摆满各种经典。经堂内的陈设装饰亦极豪华。经堂后面为强巴佛殿，主供强巴佛殿像。佛殿并列3室，前部相通，中室宽11米、进深6.8米，3进4间；左室宽4.7米，进深6.8米，3进2间；右室宽5.2米，进深6.8米，3间2间，佛殿后部供满了各种名目的佛尊，前面仅留狭的通道供香客朝拜。该扎仓的喇嘛最多，主要来自四川、去南、昌都等地区。辖有23个康村。最高僧官为堪布。
古玛扎仓仅次于罗赛林扎仓，分为经堂和佛殿两部分。经堂面积985.5平方米（东西长36.5米，进深27米），有柱102根。经堂后部分为3个拉康，即且巴拉康、敏主拉康、卓越玛拉康。僧人主、要来自内蒙、青海、那曲地区。辖有16个康村。
德阳扎仓面积最小，约952平方米。其经堂面阔7间，有62柱，面积375平方米。经堂后部为佛殿，面阔7间，进深2间，面积54.74平方米；前部正中辟有棂格式屏门（宽12.1米）；两则各1.7米见方的藏室或库房。其左侧为僧舍和厨房，形状不规则。殿内主供维色强巴佛，意为能破除一切穷困的强巴佛。
阿巴扎仓是哲蚌寺的密宗学院，位于措钦大殿右后侧。其建筑方式较特殊：最前部是一封闭式的庭院，庭院四周是僧房，庭院后部为经堂。经堂面阔9间，进深7间，面积467平方米，有48柱；堂内四壁遍绘密宗材的壁画。经堂后为结几拉康，面阔3间，进深2间，面积56平方米，主供结几佛塑像，高大狰狞，佛的表状恐怖骇人。据说塑像内藏有热罗扎哇只差一个指头的全尸，颇有情趣。结几佛，即胜魔怖畏金刚像，有9头34臂，为密宗三大本尊之一，是文殊菩萨的化身，传说系大法王宗喀巴亲手塑造的。结几佛右侧的宗喀巴像，据说也是宗喀巴大师亲手塑制的，其鼻梁端直挺拔，与其他寺庙佛养的宗喀巴塑像有明显不同，该扎仓还供奉着密宗大师惹译师（多杰扎巴）的遗骨。该扎仓是哲蚌寺最早建筑之一，系1416年破土动工起大约三年以后方才“建设圆满”的。现在的结几位康建筑粗厚古朴，佛堂布局严密局促，基本保留了早期建筑的风格牲，是哲蚌寺最宝贵的建筑。
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