纳唐寺距日喀则15公里，于公元1033年由噶当派高僧洛佳扎始建。它虽远没扎什伦布寺那么宏伟浩大，但历史却比扎什伦布寺长四百多年。
纳唐寺建成以后，前后有不少有名僧人到这里讲经传法，如八思巴的主师钦木·朗嘎扎曾住在这里；一世达赖喇嘛根郭珠巴也曾在这里受戒，并学佛法，长达17年，以后建了扎寺，才搬到日喀则。
纳唐寺最为著名的是其印经院。公无1730年，当时西藏地区政府噶伦兼管后藏事务的颇罗鼐，为了抢救和发扬西藏古籍及经书，主持创建了这个印经院。这个巨大的印经院，修建了20多年。为完成这一浩大工程，颇罗鼐下令全藏人民，支差服役，建设经院；同时，又调集全藏书法家、刻工和画师，并结集了一批青年学习刻板技术。经过相当长时期的努力，纳唐寺的印经院刻成和印制出大量藏文巨著，如大藏经《 甘珠尔》108部，佛经疏注的《丹珠尔》215部，都是完整的精刻，经板上除文字外，还有套色板画。此外，又如《释迦百行传》等许多有名巨著，都是出自这个印经院。
纳唐寺印经院在印经事业上，比布达拉宫和德格的印经院，规模和贡献都大。同时，纳唐寺经院也在印经实践中，培养了一大批藏族刻印工匠，这对继承和发展西藏的印刷和文化事业，起着不可估量的作用。
纳唐寺曾遭破坏，1987年在废墟上修建了三个殿堂，殿堂内保存了当年七块十六罗汉的石雕，第八任住持巨屯·门朗措成30多岁时在石头上留下的一双脚印和先后搜集到的《 甘珠尔》、《丹珠尔》印经板8800块等文物。
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