两城遗址是1934年发现的。说起它发掘的历史，要上溯到64年以前。1936年，当时隶属于国民政府的中央研究院历史语言研究所组织人马对两城遗址进行了第一次发掘。此次工作由著名的考古学家李济、梁思永、尹达（刘耀）和祁延霈主持，收获颇丰。发现了大量龙山文化时期的石器、陶器、饮食用具，还有少量的金属、玉器，更有极个别至今仍不能认出的类似文字的东西。由于历史的原因，这次发掘的文物如今大部分在南京博物馆收藏，蛋壳陶的豆、阔沿高柄杯等少数陶器精品收藏在台湾故宫博物院，还有一些散落到了异国他乡。现在，英国的大英博物馆、美国纽约的大都会博物馆、芝加哥的历史自然博物馆、瑞典的斯德哥尔摩博物馆都藏有两城遗址出土的文物。
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