季节性的降雨使亚马逊河和其支流经常泛滥，在雨季河道平均深达40米，宽展到平均38公里，从11月份开始涨水，直到第二年6月份，然后回落到10月份。其支流内格罗河水的涨落和干流还不在同一时间，雨季是从2月或3月开始，涨到6月开始和主干流一起回落。另一个支流马代腊河的涨落要比主流提前两个月。 在雨季里，亚马逊河淹没了几十万平方公里，洪水深度在有些地方比旱季水位最低时高出12到15米，在伊基托斯附近高出6米；在泰弗附近是15米；在奥比多斯附近是11米，在帕腊河是4米.
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