新巴尔虎右旗位于呼伦贝尔市西南部，东经115°93′—117°43′、北纬47°30′—49°50′。东以乌尔逊河为界，与新巴尔虎左旗相望；东北部与满洲里市毗连；西北部、西部和南部同俄罗斯、蒙古人民共和国接壤。土地总面积2.5万平方公里。
该旗处在低山丘陵地带，地形东坡高，多丘陵、低山、呼伦湖西岸、南岸地势平缓，北、西、西北为低沙丘陵，与蒙古高原相连，南部为平原。
克鲁伦河由西部入境后向东北方向流淌，注入呼伦湖。此外，有由贝尔湖流出注入呼伦湖的乌尔逊河。境内有呼伦湖与贝尔湖部分水域。
新巴尔虎右旗草场3000多万亩，多为优质牧草；野生植物400多种，有黄芹、柴胡、防风、益母草等药植物36种；野生动物资源丰富，黄羊、旱獭为数众多。
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