崇一堂迄今已有106年的历史。原位于杭州市上城区清泰街77号，属于基督教中国内地会。原崇一堂及周围的土地有22.471亩(地籍1-1-26，1-2-37)，是杭州占地面积最大的教堂。
崇一堂的历史可以追溯到1866年11月由英国内地会创办人戴德生牧师从上海来杭；通过丘先生（是戴德生早年在宁波传教时带领信主）在新巷一号（现清泰街新开弄）找到一处大屋有30个房间，用合理的价格租下来并设立了杭州总部，于1867年2月开设医疗诊所。因信徒日渐增多，于1867年7月开始了建堂工作，并按立王南正为牧师，担任传教工作。1901年在清泰街购入土地一块。1902年，崇一堂建成后，曾向英国内地会宣告脱离关系并定名为中国内地会崇一堂教会，并向邻近外县拓展。1935年，成立中华基督教浙江内地会崇一堂教会委员会管理教会事务，并设崇一小学到1949止。抗战期间，被日寇强占作为仓库，会务停顿直到战争结束。1945年教会重新开始恢复聚会，并聘应会治为牧师。1947年应会治牧师辞职，由陆皋生兼任义务牧师。 1951，崇一堂教会委员会开展三自革新运动，重新整顿会务，带领信徒走爱国爱教的道路，并聘了张灵光、王雪英二位做传道。1956年10月张灵光被按立为牧师。1958年杭州教会联合后，崇一堂及周围的土地为民宅、铁路材料仓库及铁路医院所占用。
二十世纪八十年代教会重新开放以来，因杭州城区信徒人数增加较快，活动场所承受力有限，2000年10月，杭州市委、市政府根据基督教的实际情况，同意易地复建杭州基督教会崇一堂，并于2001年12月21日，由市计划委员会批复立项（杭计科社[20001]1012号）。2003年12月30日正式奠基兴建，于2005年5月5日建成投入使用。
新建成的崇一堂位于江干区新塘路26-28号，总占地面积为12480平方米，建筑面积为10160平方米，其中教堂7299平方米，综合楼2861平方米。崇一堂采用中心角102度，半径为53米的扇形平面，用大跨度钢架悬挑楼座，不用一根柱子，尽可能在听觉上，视觉上达到最佳效果。
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